Слой HTML можно позиционировать поверх FLASH анимации, т.е. сделать псевдо-z-index для flash и слоя над ним. Это прекрасно работает даже для полупрозрачных слоёв.

Не знаю, кто в 21 веке вставляет FLASH вручную, поэтому пример для моего любимого drupal + swfobject.

 <?php
   $params = array('width' => '100%', 'height' => '215px', "wmode"=>"opaque", );
   $vars =  array();
   print theme("swfobject_api", base_path() . path_to_theme() . '/flash/myflash.swf', $params, $vars);
?>